履约保证金必须游离在工程造价之外，只作为中标方违约时招标方损失的补偿，招标人必须是具备招标能力的法人，其建设资金已经到位，不能把履约保证金作为工程造价的补充。因此，履约保证金具有独立性，必须由双方认可的机构负责收缴、储存、执行和返还。
商业保函的费用相对于银行办函要便宜很多，有的可能低于50%以上。这对于建筑企业来说，相对还是比较节约成本的。银行保函是由银行直接出具的，属于银行信用，而商业保函是由专业的担保机构或商业机构出具的，属于商业信用。
农民工工资保函的作用
1、引入农民工工资担保制度，避免农民工工资拖欠，保障农民工的合法收益。
2、农民工工资保函是办理施工许可证的必要步骤，一般在办理施工许可证办理前办理。
3、农民工工资保函能替代建设方、施工方缴纳农民工工资保证金，减轻企业现金压力，为企业减负！
诉讼保函的作用主要体现在对于被告方自身的保护上。一方面，它可以保证被告方按时履行法院的判决；另一方面，还可以有效地降低被告方的违约风险。诉讼保函实际上是一种一定金额的保证金，涉及到诉讼案件中的赔偿、罚款、执行等事项，被告方在支付保证金之后，有了诉讼保函为证明，可以为自己减轻一定的法律风险。