无尘室洁净度之维持和控制，除了硬件设备的投资外，也需要良好的软件—管理制度来搭配，才能保持良好的洁净度；无尘室运行和管理，可依作业人员、原物料、设备及无尘室内所用东西等加以探讨；无尘室内系统除了通称的空调系统之外，制程设备也包括在内，系统运行维护及保养需要经过培训的专业人士来执行。
无尘室是污染控制的基础，是一间具备了空气过滤、分配、优化、构造材料和装置的房间。在无尘室的硅晶片制造链中，必须是一个无污染源的环境、超洁净的车间，硅晶片零件才能够正常批量生产.一些高新技术对生产环境的要求提高，为了提升竞争力，各个行业也开始追求无尘室的质量。
经测试分析，无尘室的微污染中80%是工作人员带来的。当工作人员进出无尘室时尘埃有显著增加，洁净度立刻劣化。因此在工作人员进入无尘室前要做好清洁擦拭等防尘动作，且企业也要对工作人员进行培训，并制定相应的章程和制度等。
工作人员会带入尘埃，那么所有的物料及设备也会影响无尘室的清洁。在物流和设备进入时，要做到不将任何微粒或微生物带入室内。工作人员要在无尘室内穿着洁净衣服，用无尘纸擦拭物料和设备。搬运时也要为地板铺上已经清洁过的不锈钢板，防止破坏地板。