玻璃幕墙也存在着一些局限性，例如光污染、能耗较大等问题。但这些问题随着新材料、新技术的不断出现，正逐步纳入到建筑造型、建筑材料、建筑节能的综合研究体系中，作为一个整体的设计问题加以深入的探讨。
光污染是制造意外交通事故的凶手。矗立在交通繁忙道路旁或十字路口上的一幢幢玻璃幕墙大厦，就像一大块几十米宽、近百米高的巨大镜子，在太阳光下熠熠闪光，并对地面车辆和红绿灯进行反射（甚至是多次反射）。反射光进入高速行驶的汽车内，会造成人的突发性暂时失明和视力错觉，在瞬间会刺激司机的视线，或使他感到头晕目眩，给行人和司机造成严重危害。
高楼的玻璃幕墙反射周围的景物使鸟类完全意识不到眼前的危险，往往来不及减速就一头撞在玻璃上。据鸟类保护志愿者组织FLAP（Fatal Light Awareness Program）统计，仅在多伦多一地，每年就有一百万到九百万的候鸟死于这些玻璃幕墙。
玻璃必须罩上不透光的防护罩，决不能直接放在太阳光下保存。堆放各类玻璃应以与垂直方向 5 °-7 °角直立放着，并斜靠在一个牢固的直壁上。所有玻璃的顶边和底边应该用油毛毡垫上，并且用保护纸板或其他油毛毡将其分开。如果玻璃是平放着的，就必须用油毛毡盖住表面，以防止灰尘、砂粒玻璃片或其他污染物。