高新技术企业专项审计，是依据高新技术企业认定办法相关规定，对近三年的研发费用支出情况及高新技术产品（服务）收入情况进行审计，出具审计专项报告。该报告主要用于企业申办高新技术企业或高新技术企业复审使用。提供给科委、财政、税务、工商单位及管理层和董事会等相关。

高新技术企业专项审计工作从业务承接到完成通常要经过以下步骤：

1、会计师事务所和高新技术企业专项审计单位进行初步沟通了解，确定高新技术企业专项审计目的、审计范围、审计收费等；并签订业务约定书；

2、会计师事务所安排项目组，下发委托方高新技术企业专项审计准备的资料清单；

3、被审高新技术企业专项审计单位按照资料清单准备相关审计资料，并确定现场审计时间。

4、现场审计阶段；

5、审计情况汇总和形成审计报告初稿；

6、与被审高新技术企业专项审计单位交换意见；

7 、出具正式审计报告。

要求识别和评估申报明细表层次以及各类交易、列报认定层次的重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险需要从整体上加以判断，比如，申报企业不能提供研究开发项目的相关计划与实施方案、研究开发记录，申报明细表整体上就可能存在重大错报风险。申报明细表层次重大错报风险很可能源于薄弱的控制环境，特别是凌驾于内部控制制度之上时，很可能伪造或篡改编制申报明细表所依据的会计记录或相关文件。

基于申请高新技术企业认定的目的，申报企业通常将近三个会计年度研究开发费用结构明细表和近一年高新技术产品(服务)收入明细表的专项审计同时委托给一家会计师事务所，《专项审计指引》要求，针对研究开发费用结构明细表和高新技术产品(服务)收入明细表分别出具专项审计报告。