无菌室一般是在微生物实验室内专辟一个小房间。可以用板材和玻璃建造。面积不宜过大，约 4 — 5 平方米即可，高 2.5 米左右。无菌室外要设一个缓冲间，缓冲间的门和无菌室的门不要朝向同一方向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭。室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。
无菌室内的地面、墙壁必须平整，不易藏污纳垢，便于清洗。工作台的台面应该处于水平状态。无菌室和缓冲间都装有紫外线灯，无菌室的紫外线灯距离工作台面 1 米。工作人员进入无菌室应穿灭过菌的服装，戴帽子。
微生物检验用器材及场所必须进行或处理，不同的对象采用不同的处理方法
1． 高压蒸汽: 工作服、口罩、稀释液等，置高压锅内，一般采用121℃半小时,当然不同的培养基有不同的要求,应分别处理
2． 火焰：接种针、接种环等可直接火焰
3． 高温干燥： 各种玻璃器皿、注射器、吸管等，置于燥箱中160℃2小时
4． 一 般: 无菌室内的凳、工作台、试管架、天平、待检物容器或包装均无法进行，必须用其他方法进行处理，采用2%石炭酸或来苏儿水溶液擦拭，工作人员的手也用此法进行
5． 空气的： 开启紫外灯照射30—60分钟 即可。
无菌室外源性污染源，主要是通过门和无菌室内外通道侵入的室外空气。因此无菌室的布置通常都采用按照工艺操作的关键程度，洁净度的高低由里往外逐级减弱，抵御室外污染空气的侵入。同时为物料和人员进出无菌室设置相应的控制措施，例如物料的气闸、人员的无菌更衣系统以及室内废弃物传递出来的通道等。无菌室内的污染源，主要来自于无菌室内必要的操作人员和部分工艺设备，通常无菌室内操作人员的四周区域是洁净度差的区域，也是无菌技术中重要的控制内容。