无尘无菌车间亦为车间既达到无尘效果，又达到无菌效果。它是污染控制的基础。没有无尘室，污染敏感零件不可能批量生产。
无菌室应定期用适宜的液清洁，以保证无菌室的洁净度符合要求。
需要带入无菌室使用的仪器，器械，平皿等一切物品，均应包扎严密，并应经过适宜的方法。
工作人员进入无菌室前，必须用肥皂或液洗手，然后在缓冲间更换专用工作服，鞋，帽子，口罩和手套(或用75%的乙醇再次擦拭双手)，方可进入无菌室进行操作。
无菌室使用前必须打开无菌室的紫外灯辐照30分钟以上，并且同时打开超净台进行吹风。操作完毕，应及时清理无菌室，再用紫外灯辐照30分钟。
供试品在检查前，应保持外包装完整，不得开启，以防污染。检查前，用75%的酒精棉球外表面。
每次操作过程中，均应做阴性对照，以检查无菌操作的可靠性。
一方面是彻底，另一方面防止污染，是无菌技术的两个方面。另外，还要防止所研究的微生物，特别是致病微生物或经过基因工程改造了的本来自然界不存在的微生物从实验容器中逃逸到外界环境中去。为了这些目的，在微生物学中，有许多措施。