无菌室一般为4 — 5 平方米、高 2.5 米的独立小房间（与外间隔离），专辟于微生物实验室内，可以用板材和玻璃建造。无菌室外要设一个缓冲间，错开门向，以免气流带进杂菌。无菌室和缓冲间都必须密闭、室内装备的换气设备必须有空气过滤装置。在获得了无菌环境和无菌材料后，只有保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究。
1.无菌室应设有无菌操作间和缓冲间，无菌操作间洁净度应达到10000级，室内温度保持在18-24℃，湿度保持在45-65%。超净台洁净度应达到100级。
2.无菌室应保持清洁，严禁堆放杂物，以防污染。
3.严防一切器材和培养基污染，已污染者应停止使用。
4.无菌室应备有工作浓度的液，如5%的甲酚溶液，75%的酒精，0.1%的新洁尔灭溶液，等等。
在获得了无菌环境和无菌材料后，还要保持无菌状态，才能对某种特定的已知微生物进行研究或利用它们的功能，否则外界的各种微生物很容易混入。外界不相干的微生物混入的现象，在微生物学中叫做污染杂菌。
无菌室前，应将所有物品置于操作之部位（待检物例外），然后打开紫外灯30分钟，时间一到，关闭紫外灯待用
进入无菌室前，必须于缓冲间更换过的工作服、工作帽及工作鞋。
操作应严格按照无菌操作规定进行，操作中少说话，不喧哗，以保持环境的无菌状态。
吸取菌液时，必须用吸耳球吸取，切勿直接用口接触吸管，如吸管碰到手及其它未的物体，必须重 新 更 换 ，以 防污染 。