操作系统或应用软件的错误：随着操作系统和应用程序的代码量的成倍增加，BUG也在不断增加。我们常用的桌面系统WIN9X就是一个BUG大王。操作系统和应用软件的错误，往往会给人的工作带来一些不可预期的影响。比如前阶段，发现FRONTPAGE98的一个BUG，触发后会把你目录下的文件全部删除，另外，象的游戏神话II，出现了如不安装在默认目录中可能会使你丢失扩展分区这样严重的问题。

NDD：常见的FAT文件结构磁盘修复工具，就是的NORTON磁盘医生，可以自动修复分区丢失等情况，可以抢救软盘坏区中的数据，强制读出后搬移到其他空白扇区。希望大家不要再使用NORTON FOR DOS7或8的NDD，这个版本由于不支持大分区、FAT32、长文件名等技术，会给你带来大量的麻烦。建议大家使用Norton Utilities4或更高版本中的NDD.EXE，这是纯DOS下的工具。在硬盘崩溃或异常的情况下，他可能可以带给用户以希望。WIN9X下的磁盘医生调用的并不是这个程序，而是NDD32.EXE。

FORMAT：在一些人眼中，FORMAT是可怕的命令，但他并不是对硬盘清零，特别值得注意的是，很多文件恢复工具都建议你恢复前先FORMAT该分区起到保护的饿作用。DOS6.22以下的系统，在DOS目录下，WIN9X系统中它在WINDOWSCOMMAND目录下，它也出现在WIN9X所生成的应急盘中。

HD-COPY：传统的软盘COPY工具，2.0版本以后加入了强制读的功能，可以读出一些损坏扇区的内容。

SYS：SYS命令是重建BOOT区的简洁的手段，也可以杀除BOOT区病毒。DOS6.22以下的系统，在DOS目录下，WIN9X系统中它在WINDOWSCOMMAND目录下，它也出现在WIN9X所生成的应急盘中。

覆盖数据恢复

专业的数据恢复软件才具备该功能，例如数据恢复精灵、DiskGenius数据恢复及磁盘分区软件。这些软件可以深入数据存储设备底层进行扫描，即使，记录数据位置、类型、大小、名称等信息的原始目录结构已经损坏，软件依然可以通过自身的数据解析和识别定位技术，尽可能的复原丢失数据。对于损坏严重的情况，软件可以按文件类型恢复，限度的整合还原丢失文件。这些按文件类型恢复的文件会按文件类型分别放在不同的文件夹中，文件夹是以该文件类型的扩展名命名，里面的文件由于文件名已经被覆盖，软件会以数字编号给这些文件分配名称。数据恢复精灵软件提供快速的FAT分区数据恢复功能。软件可以在不同的Windows系统下运行，亦可以在PE中使用。此外，该软件可以恢复清空回收站的数据、Shift+Delete键删除的文件、存储介质打不开提示格式化的文件恢复等。